تفاوت الکتروفورز ژل آگارز و ژل آکریل آمید

این دو روش 4 تفاوت عمده دارند:
تفاوت اول:
تشکیل ژل آگارز واکنش فیزیکی است و 20 دقیقه زمان می برد، تشکیل ژل پلی آکریل آمید واکنش شیمیایی (پلی مریزاسیون) است و 24 ساعت زمان می برد.
تفاوت دوم:
ژل آگارز پلی مر خطی است که در هم تنیده می شود و crosslink وجود ندارد، پس منافذ ژل آگارز بزرگتر است. بنابراین معمولا اسیدهای نوکلئیک که مولکول های درشتی هستند، روی ژل آگارز detect می شوند.
تفاوت سوم:
ماده ی اولیه ای که برای ساخت ژل استفاده می شود، در 2 روش متفاوت است:
ژل آگارز: پودر آگارز + بافر (تریس/EDTA/استات یا بورات)
هیچ کدام از این مواد اولیه که برای ساخت ژل آگارز به کار می روند، سمی نیستند.
ژل آکریل آمید: پودر آکریل آمید و بیس آکریل آمید ( این مواد بسیار سمی هستند)
وقتی مونومرهای آکریل آمید و بیس آکریل آمید پلی مریزه می شوند، دیگر سمیت اولیه را ندارند، اما توجه داشته باشید که 100 درصد مونومرها پلی مریزه نمی شوند لذا در برخورد با ژل نیز می بایست جوانب احتیاط را رعایت نمود.
تفاوت چهارم:
شکل تانک در هر دو روش کاملا متفاوت است. تانک الکتروفورز با ژل آگارز، افقی و تانک الکتروفورز با ژل پلی آکریل آمید، عمودی است.
تفاوت در شکل تانک در این دو روش از آن جا ناشی می شود که واکنش پلی مریزاسیون در ژل پلی آکریل آمید در حضور O2 هوا مختل می شود. لذا تشکیل ژل پلی آکریل آمید نمی بایست در مجاورت هوا صورت پذیرد، اما در مورد ژل آگارز این محدودیت وجود ندارد و سطح ژل آگارز در مجاورت با هوا قرار دارد.
در واقع در روش پلی آکریل آمید ژل را بین 2 شیشه محبوس می کنیم، تا واکنش پلیمریزاسیون از اثر مخرب اکسیژن هوا مصون باشند.