داده های RNA-seq

سلام من روی داده های RNA-seq کار می کنم و می خواهم درباره ایده ی آنالیز داده هام مفهومی خوبی کسب کنم. من از ابزار bowtie برای indexing ژنوم مرجع خود استفاده کردم ولی من نمی دانم دقیقاً indexing ژنوم مرجع چیست و چرا باید انجام شود؟ من این نکته را دریافتم که ژنهای زیادی وجود دارد که قابل شناسایی هستند و می توان آنها را با ژنوم تطبیق داده و indexing انجام داد، اما واقعیت نمی دانم چرا ما باید اصلا این کار را انجام دهیم ، چگونه انجام می شود. (من در بیوانفورماتیک تازه وارد هستم و با حداقل دانش من، درک بخش الگوریتم آن بسیار دشوار است، بنابراین کسی می تواند indexing را با مفاهیم ساده برام شفاف سازی نماید؟