پرایمر مورد استفاده در سنتز cdna

میکروتیوب از کلی RNA استخراج شده، تشکیل شده است. هر یک از این RNA ها متعلق به یک ژن خاص است که دارای توالی متفاوتی است. طراحی پرایمر در این بخش باید به گونه ای باشد که به صورت غیر اختصاصی عمل کند. نوعی از RNA به نام Mrna دارای ساختار ویژه ای به نام دم پلی A است که این ساختار مشترک کمک به طراحی پرایمر غیر اختصاصی ویژه ای به نام oligo dt می شود.
پرایمر دیگری به نام Random hexamer نیز وجود دارد که توالی کوتاه متفاوت با شانس اتصال بیشتر به توالی های مختلف است و کل RNA را به Cdna می کند.