ساختار دوم و سوم DNA

به ندرت پیش می آید که ساختار دوم و سوم DNA باعث تداخل در واکنش PCR شوند، مناطقی غنی از GC موجب می شود که آنزیم پلی مراز به کندی در طول DNA حرکت کند یا باعث جدا شدن آنزیم پلی مراز از DNA گردد. ساختارهای سنجاق سری نمی گذارند که DNA به صورت کامل واسرشته گردد و باعث تولید محصولات کوتاه شود. برای کاهش این عوامل می توان از عوامل ناپایدارکننده DNA مثل DMSO و بتائین استفاده کرد.