ماتریس BLOSUM

ماتریس BLOSUM برای اسیدهای آمینه مطرح می باشد. در این نوع ماتریس، ماتریس امتیاز مستقیما از همردیفی توالی ها ایجاد می گردد و نیازی به درخت فیلوژنتیکی نیست. در ماتریس BLOSUM به جای تعداد جایگزینی ها، تعداد جفت اسیدهای آمینه همردیف شده در توالی های حفاظت شده مدنظر است. بنابراین در قطر ماتریس اعداد غیر از صفر را خواهیم داشت. هدف ماتریس BLOSUM شناسایی موتیف های حفاظت شده در داخل خانواده های پروتیینی است