کاربرد هم ردیفی یا alignment

همردیفی به ما نشان می دهد که کدام ناحیه از توالی ها، حفاظت شده و کدام ناحیه متغیر است. در حقیقت به کمک همردیفی می توانیم به اضافه شدن و یا حذف شدن قسمت های مختلف DNA در طول تکامل پی ببریم. همچنین امکان شناسایی موتیف های عملکردی مهم با استفاده از همردیفی وجود خواهد داشت. به عبارت دیگر اهمیت همردیفی به اندازه ای است که تجزیه ی توالی ها بدون در نظر گرفتن آن، غیر ممکن خواهد بود.