محدودیت‌های mFISH

این مجموعه روش‌ها قادر به شناسایی duplication و deletionهای داخل کروموزومی نیستند. همچنین در تعیین مکان دقیق جایگاه‌های شکستگی و نوترکیبی‌های کروموزومی ناکارآمد است.