مزایا و معایب روش Gibson

یک مزیت عمده کلونینگ گیبسون این است که امکان جمع شدن قطعات مختلف DNA بدون نیاز به توالی ناخواسته در محل اتصال‌ها (مانند آنزیم محدود کننده یا سایت های نوترکیبی Gateway) را فراهم می‌کند.
از هر قطعه DNA دو رشته‌ای می‌توان استفاده کرد، بنابراین در صورت طراحی صحیح، هر قطعه درج (محصول PCR یا الیگو سنتز شده) با برآمدگی مناسب می‌تواند به طور موثردر هر وکتور پلاسمید، مستقل از نحوه طراحی اولیه کلون شدن، پیوند یابد. یک اشکال در این سیستم این است که مونتاژ گیبسون هنگام ترکیب، برای قطعات DNA بیش از 200 جفت باز بهترین عملکرد را دارد. هر چیزی که کوتاهتر از 200 جفت باز باشد، می تواند توسط اگزونوکلئاز کاملاً جویده شود