پایگاه داده ی گیاهی

سلام دوست عزیز، بله خوشبختانه پایگاه داده هایی وجود دارند که صرفا به داده های گیاهی می پردازند. از جمله مهم ترین پایگاه داده های گیاهی phytozome می باشد. Phytozome یک پورتال ژنومی مقایسه ای گیاهان مربوط به دپارتمان موسسه ی Energy’s Joint Genome institute (JGI) می باشد که برای کاربران JGI و جامعه علوم گیاهی، یک مرکزی برای دسترسی، تجسم و تجزیه و تحلیل ژنوم های گیاهی توالی یابی شده توسط JGI و همچنین ژنوم های توالی یابی شده دیگر را فراهم می آورد. در ورژن v12.1.6 فایتوزوم، شامل 93 ژنوم assemble و annotate شده می باشد که از 82 گونه های viridiplantae می باشد. بیش از نیمی از این ژنوم ها با منابع برنامه های علوم گیاهی JGI، توالی یابی، assemble و annotate شده اند. Phytozome با ادغام این مجموعه بزرگ از ژنوم های گیاهی در یک منبع واحد و انجام حاشیه نویسی و تجزیه و تحلیل جامع و یکنواخت ، مطالعات مقایسه ای دقیق ژنومی را تسهیل می کند.
تمام مجموعه های ژنی در phytozome با KOG ، KEGG ، ENZYME ، Pathway و ابزارهای آنالیز خانواده های پروتئینی، annotate شده اند. ابزار جستجو و تجسم به کاربران امکان می دهد تا به سرعت ژن ها یا مناطق ژنومی مورد علاقه را پیدا و تجزیه و تحلیل کنند. دسترسی به داده های مبتنی بر query توسط بخش های Phytozome InterMine و BioMart فراهم می شود ، در حالی که مجموعه داده های انبوه از طریق پورتال Genome JGI قابل دسترسی هستند. مرورگرهای ژنوم JBrowse برای همه ژنوم ها موجود است.