کلونینگی که با استفاده از آنزیمهای محدود کننده انجام شود، Restriction-ligation نام دارد که این آنزیمها توالیهای پالیندرومیک را میشناسند و برش میدهند.
اگر بخواهیم مفصلتر توضیح دهیم ما با استفاده از این آنزیمهای محدودکننده در وکتور و قطعه مورد نظر خود انتهای چسبنده ایجاد میکنیم و طی عمل ligation قطعه خود را وارد وکتور میکنیم.